Classification du Vivant

Biodiversité

Nommer ce que l’on étudie et définir les espèces relève de la Taxonomie, un mot forgé par le botaniste Augustin Pyrame de Candolle en 1813 en associant deux racines issus du grec ταξις (ordre) et νόμος (règle). La Systématique ou Taxonomie est la science qui étudie la Classification des êtres vivants. Il s’agit de trier selon des critères distinctifs qui par défaut s’opposent à leur absence, de classer selon des groupes qui ont des caractéristiques communes et de ranger à savoir ordonner le vivant selon une organisation logique et désormais plus phylogénétique. La Systématique rend compte de manière ordonnée de la Biodiversité spécifique. Linné au XVIII^e siècle est l’inventeur de la Systématique moderne et de la désignation binominale des espèces.

Le Vivant (ou Bios) est formé de trois lignées monophylétiques, les Empires du Vivant qui sont les Archéobactéries ou Archées, les Eubactéries ou Bactéries s.str. et les Eucaryotes. Les cellules des êtres vivants du dernier Empire sont les seules à posséder un noyau, les deux premiers étant formés de cellules plus simple où l’ADN est directement dans le cytoplasme (structure procaryotique). L’Empire des Virus est un ensemble parallèle au Vivant qui rassemble des structures non cellulaires utilisant les métabolismes cellulaires de l’environnement, ce qui permet leur réplication basée sur des plans structuraux et fonctionnels dirigés par de l’ADN (Adénovirus) ou de l’ARN (Ribovirus). Les Virus ne sont pas des êtres vivants, mais ils en dépendent pour le pérennité.

Les Archées et les Bactéries dont une infime partie seulement est décrite forment une part importante mais méconnue de la Biodiversité spécifique. Les premières sont souvent extrêmophiles et on y trouve probablement parmi les plus anciens êtres vivants. On trouve parmi les secondes des espèces chlorophylliennes réalisant les premières photosynthèses de l’histoire du Vivant avec les Cyanobactéries et les Prochlorophytes. On rassemble les deux Empires sous le nom de Procaryotes ou Monères.

Les Eucaryotes¹ (Eukariota Chatton, 1925) sont formés de quatre Règnes « pratiques », mais non phylogénétiques : les Protozoaires, les Animaux (Métazoaires) étudiés par la Zoologie ainsi que la Fonge et les Végétaux (Métaphytes) étudiées par la Botanique². La réalité est différente et nettement plus complexe comme le montre l’arbre du Vivant suivant développé pour les Eucaryotes. De manière plus « exacte » deux grandes lignées d’Eucaryotes existent, celle des Bicontes de teinte végétale et les Unicontes de teinte animale. Elles se distinguent par le nombre de flagelles, deux ou un seul, présents aux stades cellulaires flagellés. Il convient de souligner que les Eucaryotes paraissent être l’objet d’une réorganisation « symbiotique » stabilisée d’Eubactéries, voire Archéobactéries, avec des éléments inclus (Mitochondries, Chloroplastes) dans une cellule d’ensemble et nuclée, le noyau préservant et réorganisant l’ADN et la gestion du patrimoine génétique. Chaque élément, inclus (organites) ou conteneur (cellule) partage de manière organisée les métabolismes et le fonctionnement cellulaire.

• Bicontes : cellules flagellées à deux flagelles. On trouve dans cette lignée, la lignée verte comprenant les végétaux, ainsi que de nombreux êtres unicellulaires assimilables à des Protophytes ou des Protozoaires, ainsi qu’un ensemble mixte, les Euglénobiontes.
  • Lignée verte (Viridiplantae) dont les Végétaux (Chlorobiontes).
  • Chromoalvéolées dont les Alvéolobiontes qui intègrent les Ciliées.
  • Rhizariens avec les Actinopodes, les Foraminifères et les Chlorarachniophytes.
  • Excavabiontes qui intègrent les remarquables Euglénobiontes.
• Unicontes : cellules flagellées à un seul flagelle. On trouve dans cette lignée, les Champignons, les Animaux véritables (Métazoaires) et les Amoebozoaires qui intègrent les Amibes et les Myxomycètes.
  • Opisthocontes³ (flagelles à mode de déplacement de type pulselle) avec deux ensembles : les Champignons et les Choano-organismes⁴ avec les Choanoflagellés et Métazoaires.
  • Amoebozoaires avec deux ensembles : les Rhizopodes (dont les « Amibes ») et les Mycétozoaires (dont les Myxomycètes).

• Delage Y. & Hérouard E. 1896 – Traité de Zoologie concrète. Tome I. La cellule et les Protozoaires. – Reinwald,, Schleicher, Paris.
• Lecointre G. & Le Guyader H. 2001 – Classification phylogénétique du vivant. – Belin, Paris.

Quelques liens Internet

• Biosphère – Catalogue of Life ➚ – Encyclopedia of Life ➚
• France – Inventaire National du Patrimoine Naturel ➚

1. Les Eucaryotes sont un groupe monophylétique (même ancêtre commun) majeur d’êtres vivants caractérisées par leurs cellules possédant fondamentalement, un ou plusieurs noyaux (contenant l’ADN principal ainsi protégé dans une enveloppe nucléaire), voire plus aucun. Les noyaux baignent dans le Cytoplasme clôt par des membranes plasmiques. L’essentiel des cellules ont une dimension entre 10 et 100 µm, mais des êtres plurinucléés peuvent dans leur phase plasmode avoir des cellules géantes et visibles à l’œil nu et alors mesurer plusieurs centimètres (exemple : le Blob). Ce sont les Bicontes de teinte végétale et les Unicontes de teinte animale. Lors des divisions (Mitoses ou Méioses) l’ADN nucléaire généralement sous forme de chromatine, se condense en Chromosomes mobiles au sein de l’espace cellulaire. Le cytosquelette est porté par des microtubules propres à produire des flagelles dont la structure est « universelle ». Tous les Eucaryotes possèdent des mitochondries portant le métabolisme respiratoire. Ce sont des êtres vivants fondamentalement aérobies, mais quelques uns sont devenus secondairement anaérobies ou ne le sont qu’une partie de leur vie. Les organismes pluricellulaires reconnus comme des Végétaux, des Animaux ou des Champignons, les fonctions biologiques sont partagées entre des ensembles de cellules hautement spécialisées. Les plus grands Végétaux sont des arbres qui peuvent dépasser les 100 m de hauteur, chez les Animaux le record est détenu par la Baleine bleue mesurant jusqu’à 33 m de long. Les dimensions des champignons sont méconnues et des réseaux mycorhiziens discrets et pour partie microscopiques, dans le sol ont vraisemblablement des dimensions spectaculaires. Leur cycle de vie est normalement une alternance de phases haploïdes (N) et de phases diploïdes (2N). Méiose et Fécondation permettent cette alternance. ↩︎
2. La Botanique est la science qui s’intéresse à la Flore par opposition à la Faune qui est le domaine de la Zoologie. On tend à considérer que les Bactéries s.l. (Empires des Archées et des Bactéries), les Algues, les Végétaux et la Fonge (Champignons, Lichens, Myxomycètes) appartiennent à la Flore. Le Règne végétal se limite grosso modo aux Algues et aux Végétaux. Une autre méthode préfère limiter les Végétaux aux Métabiontes et alors le Règne des Plantae comprend les Embranchements des Bryophyta, Psilotophyta, Lycophyta, Sphenophyta, Polypodiophyta, Coniferophyta, Ginkgophyta, Cycadophyta, Gnetophyta et Magnoliophyta soit respectivement les Mousses, Psilotum et Tmesipteris, Lycopodes, Prêles, Fougères, Conifères ou Gymnospermes s.str., Gingkgo, Cycas, Ephédrales et Plantes à fleur ou Angiospermes s.str. Les Algues (sauf les Cyanobactéries et les Prochlorophytes étant alors placés au sein du Règne des Protistes où se trouvent aussi les Protozoaires et les Myxomycètes notamment. Cet ensemble « pratique » n’a pas de réalité phylogénétique. ↩︎
3. Les Opisthocontes ont une place symbolique dans l’arbre de Vie car ils révèlent le rapprochement entre les Champignons et les Animaux véritables (Métazoaires). La phylogénétique moléculaire moderne argumente clairement ce rapprochement. Ainsi la chitine est une macromolécule caractéristique (très rare par ailleurs) qui est bien connue pour organiser la structure des Champignons et parfaitement répandue dans l’exosquelette des Insectes. La locomotion des cellules flagellées survenant notamment au stade « spermatozoïde » est de type pulselle (et non tractelle comme chez les autres taxons) : le péricaryon est en conséquence propulsé et non tracté. Ceci est d’ailleurs à l’origine du nom Opisthoconte (d’opistho qui signifie derrière et chonte [sic], flagelle). ↩︎
4. Le rapprochement entre les Choanoflagellés avec les Métazoaires, déjà supposé très anciennement, est démontrée par les études modernes. Ceci est résumé dans le nom Choano-organismes ou Choanobiontes. Il y a notamment identité moléculaire de l’ARNr 18S. Ainsi l’hypothèse du rapprochement des Choanoflagellés comme groupe ancestral des Spongiaires par spécialisation de colonies initialement formées d’unicellulaires de type « choanocytes » est de nouveau fondée. La démonstration de cette hypothèse qui nécessite plus d’études, montrerait le passage de l’état de « Protozoaires » à celui de « Métazoaires », ce qui reste une énigme du Vivant dont la résolution reste à faire. Notons ici que les Spongiaires sont rassemblés dans le Sous-règne des Parazoaires apposé aux autres Animaux rangés dans celui des Eumétazoaires, le tout formant le Règne des Métazoaires. ↩︎